Ülkemizde iç denetim birimleri, 2003 yılından sonra değişen kamu yönetimi anlayışı ve mali yönetim sistemine uygun olarak “değer katan denetim” yaklaşımıyla danışmanlık ve güvence hizmetleri vermek üzere 2006 yılından itibaren kurulmaya başlamıştır. Bu kapsamda 2007 yılında Gençlik ve Spor Genel Müdürlüğünde 2008 yılında Kredi ve Yurtlar Kurumu Genel Müdürlüğünde iç denetim birimleri kurularak iç denetim hizmetleri sunulmaya başlanılmıştır. 3/6/2011 tarihinde Gençlik ve Spor Bakanlığı'nın kurulması sonrasında 04/08/2015 tarihinde Müsteşarlık Makamına bağlı İç Denetim Birimi Başkanlığı kurulmuştur.

İç Denetim Birimi Başkanlığı; Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemine geçiş sürecinde Bakanlığımız teşkilat yapısının 10 Temmuz 2018 tarihli ve 1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi doğrultusunda yeniden düzenlenmesi ve 26 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile mevcut kadroların Bakanlık hizmet birimlerine aktarılması dolayısıyla Bakanlık İç Denetim Birimi Başkanlığı ile mülga Spor Genel Müdürlüğü ve mülga Kredi ve Yurtlar Kurumu Genel Müdürlüğü İç Denetim Birimi Başkanlıklarının birleştirilmesi suretiyle doğrudan Bakana bağlı olarak yeniden yapılandırılmıştır.

Bu doğrultuda; 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanununun 63 üncü maddesi ile Kamu İç Denetimi Genel Tebliğinin 8 inci maddesi hükümleri uyarınca "Gençlik ve Spor Bakanlığı İç Denetim Birimi Başkanlığı” 09/04/2019 tarihinde doğrudan Bakana bağlı olarak yeniden oluşturulmuştur.